AxyPrep無內毒素質粒大量試劑盒
本試劑盒采用 SDS 堿裂解法，結合 DNA 制備膜選擇性吸附 DNA。同時采用特殊溶液（Buffer ETR 和 Buffer PF）有效去除內毒素，可從 80-200 ml 細菌培養物中提取出多至 500 礸 高純度質粒 DNA，其內毒素水平控制在 0.1 EU/礸 以下。
一、 試劑盒組成、貯存、穩定性
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| Cat. No. | AP-MX-EP-2 | AP-MX-EP-10 | AP-MX-EP-25 | |||
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| 制備次數 | 2 preps | 10 preps | 25 preps | |||
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| 制備管（Maxiprep column） |
| 2 |
| 10 |
| 25 |
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| 大量濾器（Maxiprep syringe filter） |
| 2 |
| 10 |
| 25 |
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| RNase A | 48 µl | 270 µl | 700 µl | |||
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| Buffer S1 | 24 | ml | 115 | ml | 285 | ml |
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| Buffer S2 | 24 | ml | 115 | ml | 285 | ml |
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| Buffer S3K | 24 | ml | 115 | ml | 285 | ml |
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| Buffer B | 24 | ml | 115 | ml | 285 | ml |
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| Buffer W1 | 3 | ml | 160 | ml | 350 | ml |
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| Buffer W2 concentrate | 15 | ml | 66 | ml | 150 | ml |
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| ET-free water (70% Ethanol) | 1.8 | ml | 7.5 | ml | 18 | ml |
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| Eluent A | 8 | ml | 30 | ml | 70 | ml |
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| Buffer ETR | 10 | ml | 50 | ml | 120 | ml |
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| Buffer PF | 3 | ml | 13 | ml | 30 | ml |
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| 說明書 |
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RNase A：50 mg/ml，室溫可貯存 6 個月，長期貯存于-20℃。
Buffer S1：細菌懸浮液。加入 RNase A 后，混合均勻，4℃貯存。
Buffer S2：細菌裂解液（含 SDS/NaOH），室溫密閉貯存。
Buffer S3K：中和液，室溫密閉貯存。
Buffer B：DNA 結合溶液，室溫密閉貯存。
Buffer W1：洗滌液，室溫密閉貯存。
Buffer W2 concentrate：去鹽液。使用前，按試劑瓶上的體積加入無水乙醇（可用無水乙醇或 95%乙醇）。混合均勻，室溫密閉貯存。
ET-free water (70% Ethanol)：使用前，按試劑瓶上的體積加入無水乙醇（可用無水乙醇或 95%乙醇）。混合均勻，室溫密閉貯存。
Eluent A：洗脫液。室溫密閉貯存。
Buffer ETR：內毒素去除液。室溫密閉貯存。
Buffer PF：分相緩沖液。室溫密閉貯存。
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二、 注意事項
- 細菌過量將影響細菌裂解、質粒 DNA 的釋放，導致內毒素含量過高。
- 步驟 3 和步驟 4 的操作必須溫和。劇烈搖晃將導致基因組 DNA 的污染。但混合必須充分，否則影響得率。
- 在加入 Buffer S3K 時，蛋白質和基因組 DNA 形成粘稠的白色絮狀沉淀，必須充分混合均勻，使凝集塊中間也得到充分中和凝結。
- Buffer S2、Buffer S3K、Buffer B 和 Buffer W1 含刺激性化合物，操作時要戴乳膠手套和防護眼鏡，避免沾染皮膚、眼睛和衣物，謹防吸入口鼻。若沾染皮膚、眼睛時，要立即用大量清水或生理鹽水沖洗，必要時尋求醫療咨詢。
三、 實驗準備
- 次使用前，RNase A 全部加入 Buffer S1 中，4℃貯存。
- 次使用前，Buffer W2 concentrate 中加入體積的無水乙醇。
- 次使用前，ET-free water (70% Ethanol)中加入體積的無水乙醇。使用前置于-20℃預冷。
- 使用前，檢查 Buffer S2 是否出現沉淀，如出現沉淀，應于 37℃溫浴加熱溶解并冷卻至室溫后使用。
- Eluent A 在 65℃預熱后使用，有利于提高質粒得率。
- Buffer S3K、Buffer B 和 Buffer ETR 使用前置于 4℃預冷。
- 準備無核酸和核酸酶污染的 Tip 頭、50ml 離心管。
- 水平離心機（轉速可達到 4,000×g）及冷凍離心機（轉速可達到 8,000×g）
- 準備 56℃水浴。
四、 操作步驟
取 80-200 ml 在 LB 培養基中培養過夜的菌液（若使用豐富培養基，菌液體積應減半或更少），3,000 ×g 離心 8 min，棄上清。將離心管倒置于紙巾上 1 min，除盡上清。
- 一般過夜培養的菌液 OD600 在 2.0-4.0 之間。若菌液 OD600 >4，菌量需減少。
加 10 ml Buffer S1，懸浮細菌沉淀，懸浮需均勻，不應留有小的菌塊。
確認 Buffer S1 中已加入 RNase A。
加 10 ml Buffer S2，溫和并充分地上下翻轉混合均勻使菌體充分裂解，直至形成透亮的溶液。此步驟不宜超過 5 min。
- Buffer S2 使用后立即蓋緊瓶蓋，以免空氣中的 CO2 中和 Buffer S2 中的 NaOH，降低溶菌效率。
避免劇烈搖晃，否則將導致基因組 DNA 污染。
此步驟不宜超過 5 min。
- 加 10 ml 4℃預冷的 Buffer S3K，溫和并充分地上下翻轉混合，直至溶液顏色均一并形成緊實的凝集塊，室溫放置 5 min。
- 加入 Buffer S3K 后應立即混合，以避免形成局部的凝結塊。
- 避免劇烈搖晃，否則將導致基因組 DNA 污染。
5.加 10 ml 4℃預冷的 Buffer B，溫和并充分地上下翻轉混合 10 次，8,000×g 離心（4℃）10 min。
步驟 6-9 可以選擇離心法或負壓法。
- 離心法：
6A. 先將大量制備管放入 50 ml 離心管中。吸取步驟 5 中的混合液，轉移到大量濾器（Maxiprep syringe filter）中。
7A. 插入推桿，垂直向下緩慢將濾液推注至大量制備管中，≥6,000×g 離心 5 min。
8A. 棄濾液，加 12 ml Buffer W1 至制備管中，≥6,000×g 離心 5 min。
9A. 棄濾液，加 14 ml Buffer W2 至制備管中，≥6,000×g 離心 5 min。
- 確認在 Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
- 負壓法：
6B. 正確連接負壓裝置，將大量制備管插到負壓裝置的插口上。
7B. 吸取步驟 5 中的上清液，轉移到大量濾器中，插入推桿，垂直向下緩慢將濾液推注至大量制備管中，開啟并調節負壓至-25 ~ -30 英寸汞柱，緩慢吸走管中溶液。
8B. 保持負壓，加 12 ml Buffer W1，吸盡管中溶液。
9B. 保持負壓，加 14 ml Buffer W2，吸盡管中溶液。
確認在 Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
再在大量制備管中加 4 ml Buffer W2，≥6,000×g 離心 5 min。
將制備管置于另一潔凈 50 ml 離心管中，在制備管膜中央加 2 ml Eluent A，室溫靜置 5 min，≥6,000×g 離心 5 min 收集質粒 DNA。
將 Eluent A 加熱至 65℃將提高洗脫效率。
棄制備管。在濾液中加入 4 ml 預冷的 Buffer ETR，混合均勻。
如果 Buffer ETR 渾濁，于冰上靜置，直至溶液變得清亮；如果分層，則混合均勻。
加入 1 ml Buffer PF，混合均勻。
*溶液可能會出現微弱的渾濁現象，此為正常現象。
置于 56°C 孵育 8 min。室溫 4,000×g 離心 5 min。
孵育后溶液將出現大量乳白色沉淀，否則延長孵育時間。
孵育后溶液有可能出現分層現象，此為正常現象。
此步驟的離心必須使用吊籃式（swing-out rotor）離心機或其他水平離心機
取無色上相至 50 ml 離心管中，加入 0.8 倍體積異丙醇（如：取得 6 ml 無色上相，則加入 4.8 ml 異丙醇），混合均勻。室溫靜置 10 min。8,000×g 離心 10 min。盡可能棄盡上清。加入 2 ml 預冷的 ET-free water（70% Ethanol），洗滌沉淀，8,000×g 離心 5 min。
ET-free water（70% Ethanol）使用前確定已加入體積的無水乙醇。
盡可能棄盡上清。在超凈臺中干燥 10-15 min。
管壁上殘留液體可短暫離心后吸棄。
加入 500 祃 Eluent A 或無內毒素水溶解質粒 DNA。
